Государственный комитет национальной безопасности Кыргызской Республики в двустороннем и многостороннем форматах осуществляет сотрудничество со специальными службами и правоохранительными органами иностранных государств по вопросам противодействия международному терроризму и религиозному экстремизму, незаконному обороту наркотических веществ, транснациональной организованной преступности, киберпреступности, нелегальной миграции, коррупции, а также по другим проблемам, представляющим взаимный интерес.
При этом ГКНБ КР также активно осуществляет взаимодействие со компетентными органами иностранных государств посредством участия в работе Совета руководителей органов безопасности и специальных служб государств-участников СНГ, Антитеррористического центра СНГ, Региональной антитеррористической структуры Шанхайской организации сотрудничества, Конференции спецслужб тюркоязычных государств. Целью работы, проводимой в формате многостороннего сотрудничества, является формирование единой позиции и механизмов совместных действий спецслужб по противодействию современным вызовам и угрозам, создание благоприятных условий для взаимодействия профильных подразделений органов национальной безопасности КР с иностранными партнерами.