Антитеррористический центр (АТЦ) ГКНБ Кыргызской Республики создан в соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики от 28 января 2011 года УП №23, в целях совершенствования государственного управления в области противодействия терроризму в Кыргызской Республике и реализации  Закона «О противодействии терроризму». 

Антитеррористический центр, являясь структурным подразделением ГКНБ КР, разрабатывает основы единой государственной политики в области противодействия терроризму в Кыргызской Республике, координирует деятельность всех государственных органов, осуществляющих противодействие терроризму, в целях достижения согласованности их действий по предупреждению, выявлению и пресечению террористической деятельности, а также выявлению и устранению причин и условий, способствующих подготовке и реализации террористических актов.

Так, с целью координации деятельности государственных органов, осуществляющих противодействие терроризму в Кыргызстане, при АТЦ образована и эффективно функционирует Межведомственная координационная комиссия (МКК), куда входят руководители соответствующих министерств и ведомств Кыргызской Республики, субъектов антитеррористической деятельности. МКК принят ряд решений по совершенствованию взаимодействия субъектов антитеррористической деятельности и нормативной правовой базы  в сфере противодействия терроризму и религиозному экстремизму, что способствовало повышению антитеррористической безопасности в стране.

В рамках нормотворческой деятельности АТЦ разработаны и приняты законодательные и подзаконные акты в сфере противодействия терроризму, а также социальной и материальной защиты лиц, пострадавших в результате акта терроризма. В настоящее время приняты:
— закон Кыргызской Республики «О внесении изменений в Уголовный кодекс КР» (увеличена санкция статьи 243 «Участие гражданина Кыргызской Республики в вооруженных конфликтах или военных действиях на территории иностранного государства или прохождение террористической подготовки» со II категории на III категорию лишения свободы);
— постановление Правительства Кыргызской Республики «Об утверждении Порядка возмещения расходов, связанных с использованием транспортных средств, в зоне проведения антитеррористической операции»;
— постановление Правительства Кыргызской Республики «Об утверждении Положения о реабилитации лиц, пострадавших в результате террористического акта».  

В целях практической отработки взаимодействия субъектов антитеррористической деятельности,  АТЦ регулярно организовываются и проводятся международные и региональные антитеррористические командно-штабные учения (КШУ) во всех областях и г.Бишкек, в т.ч. на стратегических объектах. Основными целями проведения АТЦ совместных антитеррористических учений является повышение готовности субъектов антитеррористической деятельности к противодействию международному терроризму, а также совершенствование взаимодействия участников данных мероприятий. 

Проведенные учения позволили АТЦ накопить богатый опыт их планирования, подготовки и проведения, а также выделить ряд проблемных вопросов, требующих совместных усилий по дальнейшему совершенствованию механизма противодействия терроризму. 

В целях выявления антитеррористической защищенности стратегических и особо важных объектов энергетики, транспорта и коммуникаций, мест массового скопления людей, при координации АТЦ систематически проводятся специальные мероприятия «Учебный нарушитель» и «Условный террорист» во всех регионах страны.

В плане проведения профилактической работы, приоритетное внимание в деятельности Центра уделяется проведению разъяснительно-профилактической работы среди молодежи по недопущению и предупреждению экстремистских проявлений. С участием АТЦ разработаны и реализуются различные межведомственные планы по противодействию экстремизму, деятельности деструктивных религиозных течений и предупреждению терроризма.

Под эгидой Антитеррористического центра систематически проводятся лекции и встречи со студентами в высших учебных заведениях г.Бишкек. Подобные мероприятия также проводятся для личного состава МВД, ГПС, военных соединений и частей ГКДО, НГ, МЧС и ГСИН КР. В целях повышения бдительности населения разрабатываются и распространяются печатные материалы, в т.ч. для СМИ.   

Одним из главных направлений деятельности АТЦ является систематический мониторинг и анализ поступающей информации на предмет своевременного выявления террористических угроз и выработки необходимых упреждающих мер реагирования. По результатам, аналитические материалы с конкретными предложениями, регулярно направляются Руководству страны и в другие инстанции, субъектам антитеррористической деятельности, в территориальные и линейные подразделения ГКНБ. Также осуществляется ежемесячная подготовка и рассылка информационных обзоров по ситуации в ЦАР для субъектов антитеррористической деятельности КР. Кроме того, АТЦ координируется работа по обмену данными на межведомственном уровне в отношении лиц, объявленных в национальный и международный розыск за причастность к терроризму.

В рамках международного сотрудничества ГКНБ КР в сфере противодействия терроризму и экстремизму, АТЦ систематически взаимодействует и осуществляет информационный обмен с партнерскими спецслужбами и международными организациями (АТЦ СНГ, ОДКБ, РАТС ШОС, СОРБ, КТК ООН, ФАТФ,  ОБСЕ и другими). Совместно с ними  регулярно организовываются международные конференции и семинары, на которых обсуждаются актуальные проблемы противодействия терроризму и религиозному экстремизму, происходит обмен практическим опытом и налаживание взаимодействия.